В ночь с 16 на 17 июля, примерно в начале третьего, Юровский разбудил Царскую семью. Им было сказано, что в городе неспокойно и поэтому необходимо перейти в безопасное место. Минут через сорок, когда все оделись и собрались, Юровский вместе с узниками спустился на первый этаж и привел их в полуподвальную комнату с одним зарешеченным окном. Все внешне были спокойны. Государь нес на руках Алексея Николаевича, у остальных в руках были подушки и другие мелкие вещи. По просьбе Государыни в комнату принесли два стула, на них положили подушки, принесенные Великими княжнами и Анной Демидовой. На стульях разместились Государыня и Алексей Николаевич.
Государь стоял в центре рядом с Наследником. Остальные члены семьи и слуги разместились в разных частях комнаты и приготовились долго ждать — они уже привыкли к ночным тревогам и разного рода перемещениям. Между тем в соседней комнате уже столпились вооруженные, ожидавшие сигнала, убийцы. В этот момент Юровский подошел к Государю совсем близко и сказал: "Николай Александрович, по постановлению Уральского областного совета вы будете расстреляны с вашей семьей". Эта фраза явилась настолько неожиданной для Царя, что он обернулся в сторону семьи, протянув к ним руки, затем, как бы желая переспросить, обратился к коменданту, сказав: "Что? Что?"
Государыня и Царевна Ольга хотели перекреститься. Но в этот момент Юровский выстрелил в Государя из револьвера почти в упор несколько раз, и он сразу же упал. Почти одновременно начали стрелять все остальные — каждый заранее знал свою жертву.
Уже лежащих на полу добивали выстрелами и ударами штыков. Когда, казалось, все было кончено, Цесаревич Алексей вдруг слабо застонал — в него выстрелили еще несколько раз. Картина была ужасна: одиннадцать тел лежало на полу в потоках крови. Убедившись, что их жертвы мертвы, убийцы стали снимать с них драгоценности. Затем убитых вынесли на двор, где уже стоял наготове грузовик — шум его мотора должен был заглушить выстрелы в подвале. Еще до восхода солнца тела вывезли в лес в окрестности деревни Коптяки. В течение трех дней убийцы пытались скрыть свое злодеяние…
Большинство свидетельств говорит об узниках Ипатьевского дома как о людях страдающих, но глубоко верующих, несомненно покорных воле Божией. Несмотря на издевательства и оскорбления, они вели в доме Ипатьева достойную семейную жизнь, стараясь скрасить угнетающую обстановку взаимным общением, молитвой, чтением и посильными занятиями. "Государь и Государыня верили, что умирают мучениками за свою родину, — пишет один из свидетелей их жизни в заточении, воспитатель Наследника Пьер Жильяр, — они умерли мучениками за человечество. Их истинное величие проистекало не из их царского сана, а от той удивительной нравственной высоты, до которой они постепенно поднялись. Они сделались идеальной силой. И в самом своем уничижении они были поразительным проявлением той удивительной ясности души, против которой бессильны всякое насилие и всякая ярость и которая торжествует в самой смерти".
